Je ne saurais trop vous recommander le logiciel Calibre, c'est un véritable couteau suisse, le VLC pour la gestion des livres numériques. Les bibliothécaires le plébiscitent d'ailleurs.
Parmi les fonctionnalités : import/export et gestion des différents formats (CBZ, CBR, CBC, CHM, EPUB, FB2, HTML, LIT, LRF, MOBI, ODT, PDF, PRC, PDB, PML, RB, RTF, TCR, TXT), gestion de votre bibliothèque de livres, recherche de texte, prise de note/surlignage, modification ou création d'epub...